O 1º volume da História Religiosa de Portugal aborda o desafio multissecular das várias consciências religiosas com a cristandade em ascensão, no espaço correspondente ao território português, desde o fundo religioso autóctone e romanizado até ao confronto com o Islão e o diálogo difícil com o Judaísmo. O Portugal religioso tem uma história horizontal ao lado do cristianismo europeu, mas também possui uma singularíssima história religiosa, na qual se juntam mundos culturais em agitada relação na Península Ibérica.
O 2º volume da História Religiosa de Portugal, centrado na época moderna, aborda um período da história de Portugal marcado pelo esbatimento das diferenciações religiosas, de que é exemplo a “conversão forçada” dos judeus. A perspetiva dos Humanismos e Reformas é prolongada até à Revolução Liberal de 1820. É o tempo do catolicismo triunfante, no confronto com a renovação evangélica das ordens religiosas, a crítica dos humanistas, a presença das minorias protestantes, a reforma tridentina, os humanismos iluminados ou “racionais”. Época de viragem para o Cristianismo. Unido no princípio da época, o mundo cristão aparece agora dividido.
O 3º volume da História Religiosa de Portugal estuda a problemática religiosa dos séculos XIX e XX, abordando-a segundo um esquema diferente do usado para as épocas anteriores. Um capítulo lança a problemática relação entre Igreja e sociedade, em autonomias difíceis, para depois serem analisadas as emergentes respostas do catolicismo às sucessivas crises, revoluções e convulsões. Duas temáticas atravessam estes séculos no universo português: a atividade missionária e a pluralidade religiosa, que constituem dois capítulos independentes.